曾稱作細胞器官、小器官、類器官。是指原生質的一部分經過特殊分化而形成的細胞內結構，它們是具有一定功能的有機單位。該詞原來是對原生動物細胞內的結構而言，它是根據生物體是由幾個器官組成的這一意義而類推出來的。狹義的細胞器有兩種情況：（1）僅限于兼有特殊的酶活性和遺傳信息（即DNA）的結構（核、線粒體、葉綠體）；（2）包圍于細胞膜內，并能明確地與細胞質基質劃分開的結構（核、線粒體、葉綠體、溶酶體、微體）。但是，細胞器的意義通常是指所有在結構上、功能上已經分化的原生質結構。一般不包括后生質。
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