分子進(jìn)化速率取決于蛋白質(zhì)或核酸等大分子中的氨基酸或核苷酸在一定時(shí)間內(nèi)的替換率。生物大分子進(jìn)化的特點(diǎn)之一是，每一種大分子在不同生物中的進(jìn)化速度都是一樣的。蛋白質(zhì)分子進(jìn)化速率計(jì)算公式：Kaa=(daa/Naa)/2T。daa為兩種同源蛋白質(zhì)中氨基酸的差異數(shù)，Naa為同源蛋白質(zhì)中氨基酸殘基數(shù)，T為2種生物的分歧進(jìn)化時(shí)間。每個(gè)密碼子每年的突變頻率約為(0.3-9)*10-9