內(nèi)部生有孢子的囊狀生殖器官。亦稱(chēng)芽孢囊。內(nèi)部的孢子稱(chēng)孢囊孢子。不同種的植物，其形狀多種多樣，一般當(dāng)成熟時(shí)即裂開(kāi)而散出孢子，也有的是由于囊的破裂或溶化而散出孢子。在同種植物中形成的孢子囊生成同樣的孢子時(shí)稱(chēng)為同形孢子囊，如產(chǎn)生大小兩種孢子時(shí)則稱(chēng)為異形孢子囊，后者分別為大孢子囊和小孢子囊，如水生蕨類(lèi)和水韭。蘚類(lèi)的孢子囊特稱(chēng)為孢蒴。在種子植物中，胚珠相當(dāng)于大孢子囊，花藥相當(dāng)于小孢子囊。苔類(lèi)的也有一種孢子囊。另外，有的藻菌類(lèi)可產(chǎn)生極少數(shù)的、有時(shí)只含一個(gè)孢子的小型孢子囊（sporangiole）。蕨類(lèi)植物的孢子囊有兩種，一是不和維管束直接通連的（一般蕨類(lèi)）；另一是和維管束通連的，認(rèn)為是頂枝的起源的，如扁葉石松（Lycopodium complanatum）、松葉蘭（Psilolum nudum）和陰地蕨（Botrychium ternatum）等。后一類(lèi)和泥盆紀(jì)的蕨類(lèi)化石古生松葉蘭類(lèi)相當(dāng)；前一類(lèi)則和種子植物的花粉囊相當(dāng)，因?yàn)樗鼈冇芯弋愋捂咦拥男℃咦幽摇?/font>